[营业税] 请教代扣代缴营业税的问题

我公司为建筑总包单位，将部分工程分包给A建筑劳务公司，同时也有部分工程分包给个人B，营业税都是我公司代扣代缴。起初几个月在实际付款时个人B的税金没有扣缴，比如有50万的工程款没有代扣代缴营业税，直接转入个人B的账户。后来个人B委托我公司将一笔90万的工程款转付到A建筑劳务公司。原因：个人B还要缴纳2％的个人所得税，转入公司帐务就不用缴纳2％的个人所得税，个人B算是挂靠在A建筑劳务公司。
    但我公司在付款扣税时，将50万的工程款补扣了税金，这样我公司开给A建筑劳务公司的代扣代缴完税证就是按照50万+90万即140万开的。而实际上50万工程款并没有经过A建筑劳务公司的账户。
    请问：1. A建筑劳务公司该怎么处理？有影响吗？
          2. 我公司该如何处理？