总部对连锁分店的会计核算控制模式大致可以分为独立核算模式和非独立核算模式。独立核算模式基本特征：连锁分店的独立核算、向总部报告在一定时期内连锁分店的利润实现情况，编制损益财务报表。独立核算模式多适用于以连锁分店的利润最大化为财务控制目标的分公司核算模式。非独立核算的基本特征：连锁分店不核算利润。非独立核算模式多适用于以直接的费用控制为财务控制目标的连锁分店核算模式。
增值税的核算:
为了促进企业连锁经营的健康、有序发展，规范和加强企业连锁经营财务管理，财政部印发了《企业连锁经营有关财务管理问题的暂行规定》，结合《中华人民共和国增值税暂行条例》和财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业增值税纳税地点问题》的通知等规定，现就企业连锁经营有关增值税的会计核算简介如下：
同一地区和城市的连锁企业，实行“总部—分店”管理模式。总部对分店的商品配送，作为内部移库处理，统一核算，统一申报缴纳增值税。
举例：某服装销售连锁企业在同城有3家直销连锁分店，是小规模纳税人。1999年1月，3家分店销售情况，甲店实现销售收入312000元（含税）；乙店实现销售收入208000元（含税）；丙店实现销售收入104000元（含税），由总店计算、申报、缴纳增值税。
销售额＝（含税销售额）÷（1＋征收率）＝（312000＋208000＋104000）÷（1＋4％）＝600000（元）
会计分录：
借：银行存款？624000元
贷：应交税金—应交增值税 24000元
商品销售收入 600000元
借：应交税金—应交增值税 24000元
贷：银行存款 24000元
跨地区经营的直销连锁企业，可在非总部所在地区或城市设置地区总部，实行“总部—地区总部—分店”的管理模式。总部对地区总部的商品配送，作为销售处理，由总部统一核算，统一向总部所在地主管税务机关申报、缴纳增值税。
举例：某家电连锁总店，是增值税一般纳税人，有跨地区连锁店2个。1999年1月，总店购进500000元的家电，进项税金85000元，取得专用发票，已付款。由总店对跨地区连锁店配送商品，开具专用发票，其中：A店300000元，销项税金51000元；B店400000元，销项税额68000元。总店统一计算、申报、缴纳增值税。
总店购进家电会计分录：
借：商品采购 500000元
应交税金—应交增值税（进项税额） 85000元
贷：银行存款 585000元
总店对跨地区连锁店配送商品会计分录：
借：应收账款—A店 351000元
应收账款—B店 468000元
贷：应交税金—应交增值税（销项税额） 119000元
商品销售收入 700000元
总店缴纳增值税会计分录：
借：应交税金—应交增值税？34000元
贷：银行存款 34000元
备注：应交增值税＝119000－85000＝34000（元）
这里需要说明，跨地区经营的直销连锁企业，即连锁店的分店均由总部全资或控股开设，在总部领导下统一经营的连锁企业，要求采取微机联网，实行统一采购配送商品，统一核算，统一规范化管理和经营，并经有关国税机关会同财政部门审批同意，可对总店和分店实行由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。
自愿连锁、特许连锁，其纳税地点不变，仍由各独立核算分店分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
