公司邮寄货物给厂家，运费由公司代付，厂家以运费补偿的形式将此笔邮寄费返还给公司，请问此时公司应开具什么发票给厂家？如需开具运输发票，请问公司从哪里取得运输发票？

若你公司为在外找运输公司代运货物的，付运费同时要求对方开出运输普通发票或增值税发票。抬头为对方公司。这样操作可理解为对方汇款给你公司请求在当地找运输公司运送货物。
若你公司为自运货物，要求到税务机关代开发票。

若你公司为在外找运输公司代运货物的，付运费同时要求对方开出运输普通发票或增值税发票。抬头为对方公司。这样操作可理解为对方汇款给你公司请求在当地找运输公司运送货物。
若你公司为自运货物，要求到税务机关代开发票。

接2楼，公司是不是将运输公司开的票直接给厂家？这样的话公司付运费时凭什么做帐？

挂其他应收款！